Es una de las edificaciones monumentales de Quito, ubicada frente a la plazoleta más grande de la ciudad, remodelada varias veces, pues por su altura y tipología era afectada fácilmente por movimientos sísmicos. Actualmente la plaza está intervenida por el proyecto del metro de Quito, lo que permitió la ubicación en el único lugar posible, muy incómodo.

La fachada del templo refleja la presencia temprana, y por primera vez en América del Sur, de elementos manieristas, lo que lo convirtió en un punto de referencia de este estilo en el continente. La severidad renacentista y el manierismo exteriores contrastan con la decoración interna de la iglesia, en la que se mezclan el mudéjar y el barroco bañados por pan de oro para dar un esplendor inusual,

En sus tres naves, San Francisco devela artesonados moriscos con lazos mudéjares, retablos profusamente decorados y columnas de diversos estilos. En el coro, la decoración mudéjar, original de finales del siglo XVI, se conserva íntegra porque la nave central se vio abajo con un terremoto y fue reemplazado por un artesonado barroco en 1770. Cielos mudéjares en los extremos, barrocos en la nave central, retablos llenos de imágenes, mascarones y querubines mirando al centro del Altar Mayor