De grandes dimensiones en el Centro Histórico, ubicado en las calles Cuenca y Chile. Calles muy concurridas pues está cerca de centros comerciales populares.

El edificio, de color blanco, tiene cinco cúpulas, una torre cuadrada y está decorado con inscripciones incas y árabes. La construcción comenzó en 1701, la torre se completó en 1736 y la basílica fue consagrada en 1747. El retablo mayor fue tallado y construido por Bernardo de Legarda. En su sacristía así como en el interior de la Iglesia, se encuentran varias obras del artista Victor Mideros.

Mantiene una de las bibliotecas históricas más importantes de la ciudad, tanto por su contenido como por su estado de conservación. La biblioteca de la Merced se despliega en dos plantas del ala norte de Convento y tiene acceso por el piso inferior, como por el superior. las estanterías de libros cubren las paredes de los dos pisos y están unidos en su interior por una hermosa escalera en caracol tallada en madera. De acuerdo al inventario y catalogación realizado durante el Proyecto de Conservación de la Biblioteca desde 1994 a 1997, se contabilizaron 22.000 volúmenes y más de 40.000 registros bibliográficos.